【初稿】 1q21.1复发性微缺失

1q21.1 Recurrent Microdeletion

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翻译者:张淑杰,沈亦平

Initial Posting: 2017-09-01 11:51:55; Last Update: 2017-12-05 07:59:09.

概要

临床特征.

1q21.1 复发性微缺失本身似乎不能导致一个临床可鉴别的综合征,因为一些携带该 缺失的患者没有明显的临床表现,而且其他患者临床表现也是可变的,通常包括小头 (50%)、轻度智力障碍(30%)、轻微面部 异常特征以及眼部异常(26%)。其他临床表现包括心脏缺陷、泌尿生殖器异常、骨骼畸形以及癫痫(~15%)。 精神或行为异常可能包括 孤独症谱系障碍、注意缺陷多动障碍、自闭症表现及睡眠障碍。

诊断/检测.

1q21.1复发性微缺失(远端1.35Mb)可以用能明确该序列拷贝数变异的一些分子检测方法来检测,包括使用寡核苷酸或多态性DNA标记(如SNPs)的 染色体微阵列 分析(CMA)。FISH分析可以用来检测 先证者的亲属是否携带该 缺失

管理.

症状治疗:眼、心脏、神经病学症状的常规治疗;适当的语言、职业及物理治疗;特殊的学习项目满足个人需要;需要抗癫痫药或抗精神病药。

监督:常规儿科护理;常规发育评估;监测明确的特定医疗问题。

遗传咨询.

1q21.1复发性微缺失(远端1.35Mb)是以 常染色体显性遗传方式进行遗传的。18%-50%的缺失是 新发的。该缺失可以遗传自双亲之一,双亲之一携带该缺失 表型可以正常,或表型与其孩子相似或较之轻微。不携带该缺失的父母再生育再发风险低(可能<1%),但考虑到 生殖腺嵌合存在的可能,再发风险比一般人群风险高。

 

诊断

由于临床表型异质性,1q21.1复发性微缺失通常在 染色体微阵列分析(CMA)时被诊断。

提示性表征

具 有如下临床表现的个体,1q21.1复发性微缺失应该被怀疑:

  • 发育迟缓
  • 轻度到中度智力障碍
  • 轻微面部异常特征(额部隆起,眼窝凹陷、球状鼻)
  • 小头畸形

建立诊断

1q21.1 复发性微缺失的诊断是建立在参考基因组(NCBI Build 36)约145-146.35Mb位置处检测到远端复发性1.35Mb 杂合性缺失的基础上的。

注意:与1q21.1复发性微缺失相比,这个区域更大或更小的缺失的临床 表型可能不同 (见 遗传相关性疾病)。

尽管在这个远端1.35Mb复发性缺失区域内存在许多关键基因( PRKAB2, CHD1L, BCL9, GJA5, GJA8),但是没有哪个单个 基因的致病性变异被明确是致病原因(见 分子遗传学中缺失区域的关键基因)。

明确序列拷贝数变异的 基因组检测方法可以包括 染色体微阵列(CMA)荧光原位杂交( FISH) 目标 缺失 分析方法。注意: 1q21.1 复发性微缺失不能被常规的染色体G显带分析或其他传统 的 细胞遗传学显带技术所明确。

  •  使用寡核苷酸或SNP 分型染色体微阵列 (CMA)可以检测 先证者常见缺失。检测缺失片段大小的能力取决于微阵列类型和1q21.1区域的探针密度。

    注:(1)大多数1q21.1复发性微缺失患者是被CMA在发育迟缓、智力障碍或孤独症谱系障碍的评估情况下明确的。(2) 2008年之前,许多CMA平台没有覆盖该区域,因此该缺失可能没有被检测到。

  • 目标 缺失分析。 FISH分析定量PCR(qPCR)、多重连接探针扩增(MLPA)或其他目标定量方法能被用来检测携带1q21.1复发性微缺失先证者的亲属。

    注:(1)目标缺失检测不适用于那些使用了目标区域涵盖1q21.1的CMA检测但未检测到该缺失的个体。(2)利用目标检测方法不可能常规地衡量检测缺失的片段大小。

表 1.

1q21.1复发性微缺失的分子遗传学检测

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缺失 1 ISCA ID  2 区域位置 3, 4 检测方法 敏感性
先证者 家庭高危成员
1q21.1上~1.35-Mb的 杂合缺失 ISCA-37421 GRCh38/hg38
chr1:147,105,904-147,922,392
CMA  5 100% 100%
目标 缺失分析 6 不切 6 100%
1.

详见 分子遗传学

2.

ClinGen基因组变异的标准化临床注释及解读(原ISCA共识)。

3.

 1q21.1复发性 缺失 的最小基因组坐标由ClinGen指定 缺失坐标可能随着微阵列的设计有轻微的变化。注意由于断裂点附近存在片段性重复,通过微阵列探针 基因组坐标计算的缺失片段大小可能与预期片段大小有所不同。该区域内更大或更小缺失的临床 表型可能与1q21.1复发性缺失有所不同(见 遗传相关性疾病)。


4.

该区域候选基因见 分子遗传学

5.

染色体微阵列(CMA)利用寡核苷酸微阵列或SNP 分型微阵列。目前临床应用的CMA涵盖了1q21.1区域。注意:1q21.1复发性微缺失可能通过旧的寡核苷酸或BAC的CMA平台检测不到。

6.

目标 缺失分析方法可以包括 FISH分析定量PCR(qPCR)、多重连接探针扩增(MLPA)或其他目标定量方法。目标缺失分析不适用于那些使用了目标区域涵盖1q21.1的CMA检测但未检测到该缺失的个体。

评估高危亲属。FISH、 qPCR或其他目标 缺失分析定量方法可以用来明确1q21.1复发性微缺失 先证者的高危亲属。父母样本的检测对于明确 再发风险 很重要(见 遗传咨询)。

 

临床特征

临床描述

1q21.1复发性微缺失患者可能具有广泛的临床表现。最常见的表现包括发育迟缓及轻微面部 异常 。一部分该 缺失患者没有明显的临床表现,不是一个临床可鉴别的综合征。

表 2中总结的临床信息来源于3个涉及55个1q21.1复发性微缺失先证者的报告 [Brunetti-Pierri et al 2008, Mefford et al 2008, Bernier et al 2015]。

表2.

 55个1q21.1复发性微缺失个体存在的临床特征

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频率 特征
>75%
  • 可变/轻度面部异常特征
50%-75%
  • 轻度-中度发育迟缓(包括语言及运动迟缓)
25%-50%
  • 眼异常
  • 智力障碍
  • 小头畸形
  • 矮小
10%-25%
  • 注意缺陷多动障碍
  • 心脏异常
  • 生长不旺
  • 肌张力低下
  • 癫痫
<10%
  • 自闭症/自闭症表现
  • 脑畸形
  • 泌尿生殖器异常
  • 神经性耳聋

大部分1q21.1复发性微缺失患者表现为发育迟缓。绝大多数发育迟缓是轻度的,可能涉及整体或特定区域,尤其是大运动发育。一些患者也可能终生表现为一般性学习障碍。约30%的 受累个体可见轻度智力和学习障碍。

颅面部异常特征是常见的临床表现,但存在高度异质性,因此不容易被鉴别。面部特征可能包括额部隆起、眼窝凹陷、内眦赘皮、大而突出的鼻梁、球状鼻、长人中以及高腭弓。39%的1q21.1复发性微缺失患者存在小头畸形。

33%的患者可见眼异常,可能包括斜视、脉络膜和虹膜缺损、小眼畸形、远视、Duane异常以及各种类型的白内障(如 先天性中心性粉状白内障 )。

很多1q21.1复发性微缺失患者具有心脏缺陷,包括动脉导管未闭、永存动脉干、室间隔或房间隔缺损、法洛四联症、二叶式主动脉瓣畸形、升主动脉扩张、主动脉瓣闭锁不全、主动脉缩窄、主动脉弓离断、右冠状动脉异常起源、肺动脉瓣狭窄以及大血管转位[ Digilio et al 2013]。

泌尿生殖器异常包括膀胱输尿管反流、肾盂积水、腹股沟疝及隐睾症。2个携带该缺失的患者被报道具有Mayer-Rokitansky-Kuster-Hauser综合征[Chen et al 2015]。

骨骼畸形具有异质性,包括颅缝早闭、脊柱侧凸、关节松弛、短指/趾症伴或不伴短远节指/趾骨、宽拇指、第五指弯曲、畸形足、小脚、扁平足、大脚趾宽、大脚趾重复/二分裂、重叠趾或并趾及多指趾畸形。

绝大多数受累个体神经系统体格检查正常,但是肌张力低下及震颤是很常见的临床特征。约16%的患者可见癫痫(如强直-阵挛性发作,失神发作),癫痫通常发生于生后第一年。

脑畸形包括脑积水及胼胝体发育不全都被报道过。

5个患者曾被报道有 感觉神经性耳聋。

该缺失患者可能存在精神和行为异常,包括孤独症谱系障碍、注意缺陷多动障碍、焦虑和情绪障碍以及睡眠障碍。此外,在0.2%-0.6%的精神分裂症患者中检测到了1q21.1远端微缺失[International Schizophrenia Consortium 2008, Stefansson et al 2008, Walsh et al 2008, Rees et al 2014]。

基因型-表型相关性

在1q21.1复发性微缺失患者中没有观察到基因型-表型相关性。

 

外显率

目前没有关于1q21.1复发性微缺失外显率的信息。与其他许多复发性微缺失相似(如16p11.2,15q13.3),1q21.1复发性微缺失可以遗传自表型具有微小异常或完全正常的双亲之一。此外,先证者许多亲属(如同胞、表/堂兄弟姐妹)也可以具有相同的1q21.1微缺失,并且表型正常或仅有轻微临床表现 [Christiansen et al 2004; Shaffer et al 2006; Brunetti-Pierri et al 2008; Mefford et al 2008; Bernier et al 2015; 作者,个人观察]。这提示1q21.1复发性微缺失具有不完全的外显率及可变表现度

患病率

1q21.1复发性微缺失在由CMA评估的发育迟缓、智力障碍和/或 先天性多发畸形个体中的发生率约为0.2%(46/22,563)[ Brunetti-Pierri et al 2008, Mefford et al 2008]。

遗传相关(等位基因)疾病

1q21.1远端重复。1q21.1复发性微缺失(由断裂点BP3-BP4界定,见 分子遗传学)相应的重复已有47个患者被报道[ Brunetti-Pierri et al 2008, Mefford et al 2008, Bernier et al 2015]。根据这些报道(重复整体发生频率vs 由CMA评估的发育迟缓、智力障碍或 先天性畸形队列缺失的发生频率:0.12% vs 0.2%),重复的发生率较1.35Mb复发性微缺失低。

 

重复患者特征可能包括肌张力低下、大头畸形、前额突出、眼距过宽、震颤、学习或发育迟缓、智力障碍、ADHD、自闭症表现或孤独症谱系障碍。

重复可以遗传自双亲之一,或新发。不完全的外显率和可变表现度普遍存在。

鉴别诊断

22q11.2微缺失综合征是最常见的 微缺失综合征,它与1q21.1复发性微缺失患者具有很多重叠的临床表现:包括发育迟缓、学习障碍(尽管突出的非语言型学习障碍在22q11.2微缺失中可见,但在 1q21.1复发性微缺失中未见)、智力障碍、行为异常、矮小、眼异常、心脏缺陷及精神分裂症。1q21.1复发性微缺失患者不具有22q11.2微缺失 综合征典型的面部特征。

 

管理

初步诊断后评估

为了明确疾病的程度以及1q21.1复发性微缺失患者诊断的需要,以下评估应该被考虑:

  • 若担心视力存在问题则需要进行眼科检查
  • 若临床或体格体检存在一些提示性表现则需要进行心脏评估
  • 若存在小头畸形、大头畸形和/或神经系统临床表现则需要进行脑部成像
  • 肾脏超声检查
  • 针对运动和语言发育迟缓进行综合性发育评估,包括对孤独症谱系障碍、智力障碍、ADHD及听力损失的评估
  • 若存在明显的肌张力低下、癫痫、抽搐或震颤则需要进行神经病学咨询
  • 若存在精神病的证据则需要进行精神病学评估
  • 咨询医学遗传学家和/或遗传咨询师

症状治疗

指征如下:

  • 眼科学、心脏及神经病学症状的常规治疗
  • 视情况进行语言、职业及物理治疗
  • 进行特殊学习项目满足个体需要

 

未指定特定的抗癫痫药或抗精神病药。

监测

合适监测包括:

  • 常规的儿科护理
  • 常规的发育和学习评估
  •  监测明确的特定医疗问题

评估高危亲属

  FISH、 qPCR或其他目标 缺失分析定量方法可以用来明确1q21.1复发性微缺失 先证者的高危亲属。父母样本的检测对于明确 再发风险 很重要(见 遗传咨询)。

利用 基因组检测方法可以检测 先证者是否携带1q21.1复发性微缺失,为了尽可能早的明确那些可能受益于密切评估/儿童期发育里程碑的监测的人,适合去评估先证者的同胞。

遗传咨询中为了 遗传咨询目的检测高危亲属的相关问题。

在研治疗

获取各种疾病和症状相关的临床研究信息搜索 ClinicalTrials.gov。注意:可能不存在该病的临床试验。

 

遗传咨询

遗传咨询是向个人和家庭提供遗传疾病的本质、遗传方式及影响以帮助他们作出明智的医疗和个人决策。后续部分包括进行遗传风险评估和使用家族史和遗传检测来明确家系成员的遗传状态。这部分并不意味解决患者可能面对的所有个人、文化或伦理问题, 或者代替咨询遗传学专家。—ED。

遗传模式

1q21.1复发性微缺失是 常染色体显性遗传方式,18%-50%缺失是 新发的,50%-82%缺失遗传自双亲之一。

家系成员风险

先证者 双亲

  •   先证者携带1q21.1复发性微缺失,推荐利用 基因组检测方法评估先证者父母。 Mefford et al [2008]研究发现50%(7/14)先证者双亲之一可能携带该复发性微缺失。因此其他50%的微缺失是 新发的 。另外一个研究 [ Brunetti-Pierri et al 2008]表明,82% (9/11)先证者缺失是遗传的,而18%(2/11)缺失是新发的。注:在4/15先证者的父母状态未知。   该复发性微缺失可能遗传自双亲之一,而表型的严重程度并不会随着父母来源的不同而不同。携带该复发性微缺失的双亲之一可能表现为与其孩子相似的异常 表型,但是通常 受累严重程度较低。在约25%该复发性微缺失遗传的病例中,双亲之一表现正常。
  •  
  • 双亲之一可能为(a)生殖腺嵌合或(b)低水平体细胞嵌合,可能也包括生殖细胞系。

先证者 同胞

  • 先证者同胞的风险取决于双亲的遗传状态。
  • 先证者确定的1q21.1复发性微缺失未在双亲之一中得到确认,则同胞再发风险低(<1%),但是由于双亲可能存在该微缺失 生殖腺嵌合情况,同胞再发风险比一般人群高。
  •  若双亲之一存在1q21.1复发性微缺失,则每个同胞遗传该微缺失的概率为50%。不管怎样,都不可能可靠地预测每个个体的表型。

 

先证者 后代。1q21.1复发性微缺失患者的后代有50%的机会遗传到该微缺失。

先证者其他家系成员。

  • 其他家系成员的风险取决于 先证者双亲的遗传状态:
  • 若双亲之一存在1q21.1复发性微缺失,他或她的家系成员也可能存在该微缺失。

遗传咨询相关问题

为了实现早期诊断及治疗,对高危亲属评估的信息见处置、 高危亲属评估

Family planning

  • 遗传风险确定以及讨论产前检测可用性的最优时间是孕前。同样地,高危无症状家庭成员遗传状况的确定检测的决定最好也在孕前。
  • It is appropriate to offer genetic counseling(including discussion of potential risks to offspring and reproductive options) to young adults who have or are at risk of having a child with the 1q21.1 recurrent microdeletion.可以向有生育1q21.1微缺失患儿风险的青壮年提供 遗传咨询(包括讨论后代潜在的风险和生殖选择)。

DNA银行用来储存未来可能使用的DNA(主要从白细胞中提取的)。由于测试方法和我们对基因、等位基因变异以及疾病的理解将可能在未来得到完善,因此应该考虑建立 受累患者DNA银行。

产前检测

 

该复发性微缺失妊娠高风险是已知的。利用明确 先证者1q21.1复发性微缺失 的基因组检测方法进行的产前检测在以下情况下可能被提供:

  •  双亲之一携带该复发性微缺失;
  •  孩子是该复发性微缺失 受累患者,但双亲不携带该复发性微缺失。这种情况下, 再发风险与父母存在 生殖腺嵌合的可能性或其他诱发的遗传机制相关,再发风险很可能<1%。

该复发性微缺失妊娠高风险是未知的。在妊娠高风险未知的情况下,可行CMA分析用以检测该复发性微缺失。

注:不论妊娠是否为1q21.1复发性微缺失高风险的情况,产前检测结果都不能可靠地预测 表型

 

植入前诊断(PGD) 可供明确了1q21.1复发性微缺失的家庭选择。

资源

GeneReview职员已经选择了如下疾病特异的和/或保护伞支持组织和/或对疾病患者及其家庭有益的登记系统。 GeneReview对其他组织提供的信息不负责。关于选择标准信息,点击 这里.
  • My46 Trait Profile
  • Chromosome Disorder Outreach (CDO)
    PO Box 724
    Boca Raton FL 33429-0724
    Phone:561-395-4252 (Family Helpline)
    Email:info@chromodisorder.org
  • Unique: The Rare Chromosome Disorder Support Group
    G1 The Stables
    Station Road West
    Oxted Surrey RH8 9EE
    United Kingdom
    Phone:+44 (0) 1883 723356
    Email:info@rarechromo.org; rarechromo@aol.com
  • Simons VIP Connect Registry
    An online community for individuals with genetic causes of autism. Simons VIP Connect is currently recruiting for a research study aimed to better understand the medical, cognitive and behavioral phenotype of individuals with certain CNV's and genes related to autism.An online community for individuals with genetic causes of autism. Simons VIP Connect is currently recruiting for a research study aimed to better understand the medical, cognitive and behavioral phenotype of individuals with certain CNV's and genes related to autism.
 

分子遗传学

—ED. 分子遗传学信息及OMIM表格可能在GeneReview的某些地方有所不同:表格可能包含更多最近信息。—ED.

表A.

1q21.1复发性微缺失:基因和数据库

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基因 染色体基因座 蛋白质 特异性位点 HGMD
GJA5 1q21 ​.2 Gap junction alpha-5 protein GJA5 database GJA5
GJA8 1q21 ​.2 Gap junction alpha-8 protein GJA8 @ LOVD GJA8
不适用 1q21 ​.1 不适用    
 

数据从如下标准参考编译而来: 基因来自 HGNC ; 染色体基因座、 基因座名、关键区域、遗传互补群来自 OMIM ;蛋白质来自 UniProt . 对于数据库 (特异性位点, HGMD)的描述链接被提供了,点击 这里

Table B.表B。

1q21.1复发性微缺失OMIM条目( 见 OMIM)。

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121013 间隙连接蛋白, ALPHA-5; GJA5
600897 间隙连接蛋白, ALPHA-8; GJA8
612474 染色体1q21.1缺失综合征, 1.35-MB

分子遗传发病机理

缺失机制

与其他 基因组病相似 (如 22q11.2、7q11.2、15q11q13、 15q13.316p11.217q21.31缺失及相应重复),1q21.2复发性微缺失的断裂点通常发生在侧翼的区段性复制里。在所有这些病例中,侧翼的同向区段性复制 具有高度的序列相似性, 容易通过 非等位同源重组(NAHR)机制发生重排 。 NAHR是侧翼的2个区段性复制不匹配并发生重组。结果导致侧翼片段间的序列发生复发性的微缺失和复发性微重复,1q21.1复发性微缺失为1.35Mb [ Emanuel & Shaikh 2001, Lupski & Stankiewicz 2005]

在1q21.1区域,存在4个拷贝的同向的区段性复制,彼此间具有高度序列相似性。 这些非连续的区段性 复制元件被称为 BP1、 BP2、 BP3及BP4,之所以这样命名是因为它们是BP元件间重复和 缺失序列的  重组断裂热点 [ Mefford et al 2008]。

  • GeneReview本部分描述的远端1q21.1复发性微缺失断裂点在BP3和BP4之间[ Mefford et al 2008],这些有时被称为I类缺失。
  • 一个更小、近端、发生在BP2和BP3之间的缺失和 血小板减少伴桡骨缺失综合征(TAR)相关。
  •   第三种 缺失,有时称为II类缺失,发生在BP2和BP4之间。这些约2Mb的缺失包含TAR相关的和1.35Mb远端1q21.1染色体区域 [ Velinov & Dolzhanskaya 2010]。临床特征具有异质性,但与1q21.1复发性微缺失患者类似,包括 畸形特征、发育迟缓、心脏及泌尿生殖器异常。(见 遗传相关性疾病。)

区域内关键基因

尽管1q21.1复发性微缺失区域有很多关键基因 ( GJA5, GJA8, CHD1L, BCL9,and PRKAB2) ,没有哪个单个 基因的致病性变异被明确为致病原因。注意:一个或更多缺失基因的 单倍剂量不足可能对以下与这些基因致病性变异相关的表型有贡献作用。

GJA5 . 杂合性致病变异或缺失已在以下疾病患者中被明确:

GJA8 . 杂合性致病变异已在以下疾病患者中被明确:

 

CHD1L . 杂合性致病变异已在 先天性肾脏和泌尿管畸形患者中被明确 [ Hwang et al 2014]。

BCL9 . 1个 杂合致病性变异已在左心室流出道异常的患者中被明确 [ Zaidi et al 2013]。

PRKAB2 . Harvard et al [2011] 研究表明1q21.1复发性微缺失患者淋巴细胞永生细胞系中 CHD1L及 PRKAB2基因表达蛋白量下降。功能分析发现染色质重塑缺陷及AMP激酶功能降低。

参考

引用文献

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